Patterns of Limnohabitans Microdiversity across a Large Set of Freshwater Habitats as Revealed by Reverse Line Blot Hybridization

Mezi sladkovodními Betaproteobakteriemi je pouze několik málo skupin, které můžeme považovat za ekologicky důležité. Jednou z nich je nedávno popsaný rod Limnohabitans a hlavně jeho R-BT podskupina, v minulosti studovaná hlavně pomocí fluorescenční in situ hybridizace. Díky vyizolování velkého množství zástupců rodu Limnohabitans se nám podařilo navrhnout 18 RLBH (Reverse Line Blot Hybridization) genetických prób specifických pro různé podskupiny rodu. Tyto próby jsou zaměřeny na 16 S–23 S rRNA ITS regiony Limnohabitans baktérií.

Nové próby pokrývají 92% všech v současné době dostupných izolátů Limnohabitans. Tento set prób byl v této studii použit na analýzu DNA získané ze 161 sladkovodních evropských habitatů za účelem získání přehledu o mikrodiverzitě rodu Limnohabitans. Zkoumané habitaty představovaly široké spektrum sladkovodních míst lišících se v mnoha parametrech, např. pokrývající pH od 3,8 do 9. Mikrodiverzita rodu Limnohabitans stoupala spolu s rostoucím pH zkoumaných habitatů. 14 z použitých 18 sond detekovalo podskupiny Limnohabitans z přírodních vzorků a umožnilo tak sestavit preferenční habitaty pro jednotlivé skupiny. Většina skupin preferovala alkalické habitaty, jedna kyselé a některé oba typy. Pro některé skupiny rodu Limnohabitans byla indikována kompletní separace ekologických nik.

• Jezbera J, Jezberová J, Kasalický V, Šimek K, Hahn MW (2013) Patterns of Limnohabitans Microdiversity across a Large Set of Freshwater Habitats as Revealed by Reverse Line Blot Hybridization. PLoS ONE 8(3): e58527.
  doi:10.1371/journal.pone.0058527