Pracovní stanice pro zpracování dat
Pracovní stanice pro zpracování dat
K analýze nasnímaných data mohou naši uživatelé využít 3 dostatečně výkonné pracovní stanice (s možností vzdáleného přístupu) s dostupnými programy: (V publikaci uvést poděkování laboratoři a grantu – viz sekce poděkování)
- FIJI/ImageJ – filtrování obrazu, zpracování tomogramů, analýza dat, dávkové zpracování s využitím skriptů
- Microscopy Image Browser (MIB) – filtrování obrazu, dávkové zpracování dat s využitím skriptů a segmentace obrazu – manuální/polo-automatická/deep-learning, alignment datasetů
- AMIRA – segmentace obrazu, vytváření a animace modelů ze segmentovaných dat
- Etomo – rekonstrukce tomogramů, sériové řezy, sešívání obrazu, filtrování 3D dat
- 3dmod – vizualizace 3D dat, segmentace obrazu, tvorba modelů
- PEET – průměrování tomogramů (objemových dat)
- Matlab/Octave – Analýza obrazových dat
- Chimera/ChimeraX – Vizualizace a analýza elektronových hustot, kombinování s proteinovými strukturami
- CryoSPARC – Single Particle Analýza Dat z mikroskopie proteinu-kryo, nebo negativní kontrast
Kontaktní osoby (zpracování dat): Týč Jiří, RNDr. Ph.D., František Kitzberger, Mgr., MSc., Bílý Tomáš Ph.D., Gardian Zdenko, Ing. Ph.D.
Pro udělení vzdáleného přístupu prosím kontaktuje vedoucí laboratoře: Vancová Marie, RNDr. Ph.D.
Rezervace pracovních stanic: Návod, Rezervační kalendář
Pro ukládání dat uživatelů bylo zprovozněno rychlé, velkokapacitní úložiště:
5TB RAM, 544/1088 CPU, 4x GPU Tesla V100S, dedikované úložiště: 200 TB
